תביעה לפסק דין הצהרתי, שלפיו חייבת רכבת ישראל לשלם לקיבוץ נען פיצוי בסך כ-29 מיליון שקל, בגין הפקעת שטח של 262 דונם לצורך התקנת מסילת רכבת מלוד לבאר שבע, ובגין נזק למקרקעין הנותרים, נדחתה על ידי בית המשפט המחוזי בתל אביב. לאחר שהוחלט על הפקעת הקרקע, הושג בינואר 2006 הסכם פשרה בין שני הצדדים, ובו נקבע, כי הרכבת תשלם לנען סכום של כ-5.5 מיליון שקל, והסכום שולם. עוד הוסכם, כי כל צד ימנה שמאי מטעמו, וכי שני השמאים ייפגשו במטרה ליישב את המחלוקות באשר לגובה הפיצוי המגיע לקיבוץ. במקרה שהמחלוקת בין השמאים לא תיפתר, ימנה בית המשפט שמאי מוסכם לעניין גובה הפיצוי. משלא הושגה הסכמה בין השמאים, מינה בית המשפט שמאי מוסכם, רוני מכבי, שקבע כי הקיבוץ זכאי לפיצוי כולל של 7.84 מיליון שקל. השמאי מטעם הקיבוץ העריך, כי גובה הפיצוי המגיע לנען הוא, כאמור, כ-29 מיליון שקל.

באמצעות עו"ד אהרון בן שחר, טען נען בבית המשפט, כי השמאי המוסכם חרג מתפקידו, חוות דעתו לוקה בטעויות מהותיות, ולכן יש להורות לו לערוך את שומתו מחדש, וגם להנחותו להתחשב בפוטנציאל התכנוני הטמון במקרקעין שהופקעו, כלומר, בכוונה לשנות את ייעודם למפעל. לחילופין, ביקש הקיבוץ למנות שמאי אחר שיקבע את שיעור הפיצוי המגיע לו. הרכבת, שיוצגה על ידי עו"ד טלי ענבר-גולן, תמכה בחוות דעתו של השמאי המוסכם, כי יש לפצות את הקיבוץ רק בגין הזכויות שהיו בידו במועד ההפקעה, ללא התחשבות בפוטנציאל לשינוי ייעוד הקרקע.

השופט ד"ר עמירם בנימיני קיבל את טענת הרכבת. "לא מצאתי מקום לסטות מחוות דעתו של השמאי המוסכם", כתב בפסק הדין, "חוות דעתו המפורטת נראית בעיניי מבוססת כדבעי". בהמשך קבע כי המדינה לא התכוונה להעניק לחקלאים, ובכללם קיבוץ נען, מתנה בדמות אדמות מדינה יקרות, אלא העניקה לאגודות חקלאיות זכות חכירה לצורך עיבוד הקרקע לחקלאות. לגבי השטח שהופקע, "לא הוגשה תוכנית כלשהי לאישור שינוי הייעוד, ולא ניתן לדעת מה יהיה גורלה אם וכאשר תוגש".

לאור זאת, החליט השופט לאמץ את חוות דעתו של השמאי המוסכם, כלומר, שלקיבוץ מגיע פיצוי של 7.84 מיליון שקל. מסכום זה יש לנכות את הסכום שקיבל הקיבוץ בהסכם הפשרה, כ-5.5 מיליון שקל, ולפיכך סכום הפיצוי הנותר הוא כ-2.2 מיליון שקל. הקיבוץ ישלם לרכבת הוצאות משפט בסך 5,000 שקל, ושכר טרחת עורך דין בסך 25,000 שקל.